Facturation électronique 2026 : ce qui change pour les thérapeutes

La transition numérique des cabinets s'accélère, et une échéance concerne désormais tous les praticiens : la facturation électronique devient obligatoire en France à partir du 1er septembre 2026.

Beaucoup de thérapeutes pensent être hors du champ de la réforme parce que leurs actes de soins sont exonérés de TVA. C'est une idée reçue. Même exonéré, un praticien libéral reste concerné, au minimum par la réception de ses factures.

Bonne nouvelle : bien anticipée, cette réforme est surtout une occasion de gagner du temps et de fiabiliser sa gestion. Voici ce qui change concrètement, le calendrier à retenir et comment préparer votre cabinet sereinement.

Qu'est-ce que la facturation électronique et pourquoi devient-elle obligatoire ?

La facturation électronique ne se résume pas à un PDF envoyé par e-mail. Il s'agit d'une facture émise, transmise et reçue dans un format structuré et normalisé (Factur-X, UBL ou CII), qui circule via une plateforme agréée par l'État (PA, anciennement « PDP »). Les données deviennent ainsi lisibles automatiquement par les logiciels et par l'administration fiscale. (1)

Portée par les lois de finances successives, cette réforme poursuit trois objectifs :

1. lutter contre la fraude à la TVA

2. simplifier les échanges entre professionnels

3. alléger la saisie administrative.

Elle s'applique à l'ensemble des entreprises établies en France et assujetties à la TVA, quelle que soit leur taille, y compris celles qui bénéficient de la franchise en base. (2)

La réforme repose en réalité sur deux mécanismes complémentaires.

• La facturation électronique proprement dite encadre les échanges entre professionnels assujettis (le « B2B »).

• L'e-reporting, lui, désigne la transmission à l'administration des données de certaines opérations, notamment les ventes à des particuliers ou à l'international.

Distinguer les deux est essentiel pour comprendre ce qui s'applique, ou non, à votre cabinet.

Attention : « assujetti » ne veut pas dire « redevable ». Selon l'article 261-4-1° du Code général des impôts, les soins dispensés par les professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés de TVA.

Un kinésithérapeute, un ostéopathe ou une sage-femme reste donc un assujetti « non redevable » : il ne facture pas de TVA à ses patients, mais il entre malgré tout dans le périmètre de la réforme.

Le calendrier de la réforme 2026 : ce qui change concrètement pour les thérapeutes

Le déploiement se fait en deux temps, autour de deux obligations distinctes : recevoir et émettre.

• Réception → 1er septembre 2026 : toutes les entreprises, y compris les libéraux de santé exonérés, devront pouvoir recevoir leurs factures fournisseurs au format électronique (matériel, abonnements logiciels, expert-comptable…). C'est l'échéance qui concerne directement la grande majorité des thérapeutes. (3)

• Émission → 1er septembre 2027 : l'obligation d'émettre s'applique dès 2026 aux grandes entreprises et aux ETI, puis au 1er septembre 2027 aux TPE, PME et micro-entreprises, soit la quasi-totalité des cabinets libéraux. (3)

Pour vos actes de soins, la règle est rassurante : exonérés de TVA par nature, ils ne donnent lieu ni à facture électronique, ni à e-reporting. Vous n'avez donc aucune facture électronique à émettre à vos patients pour vos séances.

Seules vos activités annexes soumises à TVA sont concernées par l'émission ou l'e-reporting : formations, expertises, conférences, vente de produits, ou encore la redevance versée à un confrère dans le cadre d'un contrat de collaboration.

Si vous exercez l'une de ces activités, il faudra distinguer clairement ces flux de vos actes de soins.

Comment bien préparer votre cabinet à la facturation électronique ?

La préparation tient en quelques étapes simples, à anticiper avant l'été 2026 :

• Choisir une plateforme agréée (PA) et la déclarer : c'est elle qui recevra et transmettra vos factures. La liste officielle est publiée sur le site des impôts. (1)

• Vérifier votre logiciel et votre comptabilité : assurez-vous que votre logiciel de gestion et votre expert-comptable savent traiter les formats structurés sans ressaisie.

• Séparer vos flux : actes de soins exonérés d'un côté, activités taxables de l'autre, pour rester conforme sans vous compliquer la vie.

• Soigner l'archivage : les factures électroniques doivent être conservées en garantissant leur authenticité, leur intégrité et leur lisibilité dans le temps.

• Anticiper avec votre expert-comptable : il est votre meilleur allié pour choisir les bons outils, paramétrer le routage de vos factures et sécuriser votre première déclaration au nouveau format.

Au-delà de la conformité, c'est l'occasion d'assainir sa gestion : des factures claires et complètes, un suivi rigoureux des paiements et des éventuels impayés, et une réelle régularité dans l'émission. Ces bonnes pratiques rejoignent celles détaillées dans notre article sur la réduction du temps administratif au cabinet, et complètent les évolutions abordées dans notre guide sur les revalorisations tarifaires 2026.

Automatiser sa gestion : l'alliance d'un logiciel de cabinet et d'une comptabilité moderne

La meilleure façon d'aborder cette réforme sans stress, c'est de ne pas multiplier les outils. Un logiciel de gestion pensé pour les kinésithérapeutes et les thérapeutes centralise les rendez-vous, les dossiers patients et la facturation des actes au même endroit.

Andrew® remplit ce rôle, et permet de gérer la facturation de votre cabinet sur ces actes : téléconsultation, suivi hybride, actes hors nomenclature et abonnements patients. Le tout depuis une interface unique. Pour aller plus loin, notre article sur les avantages d'un logiciel de gestion détaille ce gain d'organisation au quotidien.

L'étape suivante consiste à connecter cette gestion à une solution de comptabilité moderne comme Pennylane ou Indy. Les données de facturation remontent alors automatiquement vers votre comptable, sans double saisie ni export manuel. Vous réduisez les erreurs, vous gagnez un temps précieux et vous abordez les échéances de 2026 et 2027 l'esprit tranquille. Pour voir concrètement comment ce duo s'intègre à votre organisation, vous pouvez échanger avec un conseiller.

Une obligation à transformer en gain de sérénité

La réforme de la facturation électronique n'a rien d'une menace pour les thérapeutes. Pour l'immense majorité des cabinets, l'enjeu de 2026 se limite à savoir recevoir ses factures fournisseurs via une plateforme agréée ; l'émission, quand elle s'applique, n'arrive qu'en 2027 et ne touche que les activités soumises à TVA.

Vos actes de soins, eux, restent largement préservés. En vous équipant dès maintenant d'un logiciel de gestion connecté à votre comptabilité, vous transformez une contrainte réglementaire en véritable gain de temps. Pour préparer votre cabinet sereinement, demandez une démo gratuite d'Andrew®.